如果不治疗，性别认同障碍能引发情感抑郁或其他疾病，对患者的工作、生活以及人际交往都会产生严重影响。经过治疗，患者可以过上稳定正常的生活。

对于患有性别焦虑症的儿童，建议对患者及其家人进行心理治疗并辅以社会及物理干预疗法。患有性别焦虑症的儿童可能会有抑郁、焦虑等症状。青少年患者则有可能因为严重的抑郁情绪产生自杀的想法或有试图自杀的行为。心理治疗应着眼于增强患者的自尊和治疗相关并发症。家长应容许孩子在安全、宽容的环境中实现作为另一性别个体的幻想。此外，建议家长使用中性的语言、不要禁止孩子观看支持同性恋的媒体节目、鼓励孩子参加喜欢的活动。

对于患有性别认同障碍的成人，应当采取综合疗法。除参与病患互助小组和心理治疗（包括单人心理咨询和夫妻心理咨询）外，患者可选择荷尔蒙疗法，进行真实的生活体验（以所希望的性别身份生活一年或一年以上）或接受变性手术。要求进行变性手术的患者需要接受大量评估和治疗，之后还要经过一个过渡期才能进行手术。

如何避免性别认知障碍

正常儿童3岁左右即可识别自己的性别，随后知道性别是跨时间稳定的，喜欢与同性幼儿一起玩，自然而然地遵从着内在的性角色要求，表现出行为上的性别差异，且性别的差异随年龄增长更加明显，即使在相当中性的环境下长大也如此。要避免性别焦虑症的发生，必须在幼儿时进行防范。

作为家长，应该承认、赞赏孩子性别。性别认同是孩子自我认知的重要部分，只有孩子对自己的性别感到满意，才会对同性的性别特征抱有好感，并希望拥有这些性别特征。家长在为孩子挑选玩具和衣物的时候，也一定要做到与儿童的性别相一致，鼓励儿童多做一些与性别相符的游戏使其在游戏中逐渐认同自己的性别。如果家长由于孩子的性别没能满足自己的需求而把孩子“错位”培养，就会让孩子厌恶自己本身的性别而发生性别认同障碍。