日常生活中，我们最基本的活动是补充能量和排泄废物，和人体细胞一样，肠道细菌也要“吃喝拉撒”。也就是说，细菌也要获得营养，通过代谢活动使自己得到能量，同时制造各种生物分子，使自己的细胞能够生长，直到长到足够大可以分裂成两个细胞，还需要将代谢废物排放到周围环境中（即我们的肠道）。所以，让我们首先看看肠道细菌平时都吃些什么。

作为一个肠道居民，肠道细菌的主要食物就是我们“吃剩下的东西”。也就是说，我们每天吃的食物，在经过消化道消化吸收后，那些无法被消化或者还来不及吸收的成分就可能成为肠道细菌的食物，比如，各种膳食纤维。膳食纤维主要来源于植物性食物的碳水化合物（即糖）的聚合物。和普通的淀粉不同，它们无法被小肠中的消化酶消化，所以也无法被人体直接利用。但是，对于肠道细菌而言，这些膳食纤维正是它们上佳的食物。细菌可以合成一种酶，把膳食纤维降解成含有5个或6个碳原子的单糖。这些单糖则可以在细菌细胞内进行进一步代谢。

在代谢过程中，单糖被彻底氧化成二氧化碳和水，从而为细菌提供能量；或者被转化成其他化合物，比如，可以合成氨基酸（之后可合成蛋白质）或者长链脂肪酸，以供细菌细胞生长所用。除了这些比较“普通”的产物外，细菌还可以将部分单糖转化成只含有几个碳原子的短链脂肪酸（SCFA），这种脂肪酸对人体的健康有重要作用。

除了吃膳食纤维，肠道细菌还可以吃肠道中的蛋白质，这些蛋白质一部分源自人体摄入的食物。据估计，约有5%～10%的膳食蛋白质逃脱了在消化道中被消化吸收的命运而进入了大肠。现在，这些“逃跑”的膳食蛋白质成了肠道细菌的盘中餐。除了膳食来源外，消化道分泌的消化酶本身也是蛋白质，因此也可以成为细菌的食物。

据估算，大肠中每天有3.5克来自胰腺的消化酶最后可以被细菌利用。细菌吸收利用蛋白质的方法和人体细胞类似，即通过蛋白水解酶将其降解为氨基酸，氨基酸被细菌细胞吸收后可以在细胞内参与各种代谢活动。比如，这些氨基酸可以作为原料合成细菌需要的蛋白质；也可以进一步代谢以合成各种其他产物，直至最后彻底氧化，为细胞提供能量；还可以用来合成各类短链脂肪酸。

比较有意思的是，肠道本身有时候也给细菌提供食物。肠壁的最内层含有大量的黏液，这些黏液是由杯状细胞分泌的，其主要作用是为肠道黏膜提供一个屏障，具有保护作用。黏液本质上是分子量很大的糖基化的蛋白质。所谓糖基化就是在蛋白质的某些氨基酸上连上复杂的糖链（即多个糖缩合而成的寡糖基团）。黏液分子中约80%以上的分子量来源于这些糖链。对于细菌而言，这些糖链（有时还包括蛋白质本身）成了它们的天然食物。在人体膳食营养成分不足的情况下，这些糖链就成了肠道细菌的“救命粮”。